Получили самый широкий размах. Главным местом развертывания масштабных строительных работ стал Кремль. Москва как столица огромного государства требовала великолепных зданий, не только украшающих город, но и возвеличивающих царскую власть. В Кремле построены Успенский, Архангельский и Благовещенский соборы, царские палаты, колокольня Ивана Великого. Перестраивались стены и башни Кремля.
Образцами градостроительного искусства стали многочисленные монастыри. В Коломенском возведена чудесная шатровая церковь Вознесения. Во славу взятия Казани построен Покровский собор что на Рву. Появилось много каменных гражданских построек. В храмовом зодчестве была широко распространена иконопись. Московская школа живописи представлена Дионисием (1440—1502) и его последователями. Расцветает книжная миниатюра. Новым жанром стала гравюра, которой был оформлен «Апостол» Ивана Федорова.
После смерти царя Федора Иоанновича встал вопрос о престолонаследии. За последующие 15 лет на престоле побывают три царя, но ни один не удержится долго. Бесконечные претензии на царствование обусловили Смутное время в обществе, появились сепаратистские тенденции, начались интервенции других государств на территорию Руси.
Первым избранным царем стал Борис Годунов. Практики избрания на царство до сих еще не существовало. Историки доказали, что единственное препятствие на пути к престолу (царевич Дмитрий, последний сын Ивана Грозного), не мог мешать Борису, так как к моменту смерти Дмитрия Борис еще не занимал подобающего положения при дворе и поэтому ни о каком царствовании речи идти не могло.
Как следствие этого, Борис не мог быть повинен в гибели царевича. Умный и деятельный правитель, Борис Годунов постепенно стал правой рукой царя Федора. Он активно помогал царю на дипломатическом поприще. В конце концов, когда Ирина отказалась от царствования, Земский собор единогласно выбрал Бориса.
1 сентября 1598 г. Борис Годунов был венчан на царство. В начале правления новый царь многое сделал для государства: раздал чины по заслугам, а не по родству, рассудил местнические споры, облегчил налоговое бремя, поощрял торговлю и ремесло, обеспечил законодательно пути развития Сибири. Борис любил иностранцев, умел оценить их знания и опыт в разных областях.
Очень скоро в Москве появились иностранные врачи, рудознатцы, ювелиры, часовщики. Было открыто первое высшее учебное заведение, 20 молодых людей отправлены учиться за границу, из которых после Смуты вернулся только один. На дипломатическом поприще царь Борис потерпел несколько неудач, связанных с несостоявшимися династическими браками своих детей.
Борис старался не воевать и поэтому максимально укреплял рубежи государства. Честолюбивый правитель прилагал много усилий к прославлению своей личности, для чего в Кремле развернулось новое строительство палат и приказов, по иностранному образцу провели водопровод к Конюшенному приказу, что явилось небывалым новшеством.
Колокольню Ивана Великого надстроили и под куполом золотом написали полный титул царя Бориса. Было решено строить храм, подобный храму в Иерусалиме, но планам не суждено было свершиться. Начался постепенный переход к формированию профессиональной армии, в которой за службу платили, а не жаловали земли. Царь вел обширную благотворительную деятельность, жалуя большие денежные вклады монастырям по всей стране.
Особенно одаривался Троице-Сергиев монастырь (с 1744 — лавра), в котором впоследствии будут покоиться останки Бориса Годунова, что, возможно, он предчувствовал. Деньги получали монастыри Иосифо-Волоцкий, родовая усыпальница Бельских, Ипатьевский в Костроме и, конечно, Новодевичий в Москве, где инокиней была сестра царя.
Паломнические поездки в Троице-Сергиев монастырь были большими праздниками, обставленными чрезвычайно богато. Несмотря на успехи своего правления царь чувствовал себя неуверенно и поэтому стал подозрительным. Он ввел повсеместную систему доносительства всех на всех, в результате чего в опалу попал большой род Романовых, которые были сосланы или пострижены в далеких монастырях, где большинство из них закончило свою жизнь.
Это привело к сильному массовому недовольству выбранным царем. Борис шел по стопам Ивана Грозного, но от Ивана IV общество готово было терпеть как от прирожденного царя. Выбранному же царю не намерены были прощать подобного репрессивного правления. Царствование Бориса Годунова проходило при всеобщем недовольстве знати.
Вскоре окружавшие его родственники и верные люди один за другим стали умирать, он оставался в изоляции. Голод последних трех лет царствования усугубил недовольства. Был возобновлен Юрьев день, с тем чтобы крестьяне могли уходить в более благоприятные с точки зрения климата регионы. Это всколыхнуло волну переселения на юг и подпитаю казачьи вольные поселения. На этой волне выдвинулась личность самозванца, претендовавшего на царский трон, — Лжедмитрия.