Использование золота в архитектуре было связано с его символикой в русском искусстве. Золотому сиянию приписывался характер божественного света. Можно представить, какое впечатление производил собор на жителей, каким неотъемлемым компонентом стало его золотое сияние и красочность в развитии ансамбля центра Москвы.
Стены собора и своды его галерей в XVII в. были побелены и покрыты росписью. Четыре башни церквей собора расписаны кругами, имитирующими торцы бревен. Росписи имели геометрический и растительный характер. Они то соответствовали строению формы, то вступали в противоречие с ней, переходя границы плоскостей, полуколонны, обломы.
Сказалась тяга к «узорочью» — характерному признаку московской архитектуры. Орнамент выполнялся синим, красным, черным, оливковым и охристым цветами, создающими на белом фоне графическое кружево. Полихромия отделялась от архитектурной массы, приобретала самостоятельность. Геометрический орнамент из поливной керамики украсил центральный шатер.
Другие шатры и своды над галереями покрывались поливной желто-коричневой и зеленой черепицей. В конце XVIII в. появляются первые цветные главы, а с 2848 г. все купола и башни собора было решено оставить такими, какими они вошли в память жителей Москвы.
Сегодня главы собора многоцветные, кроме центральной золотой. Весь собор до уровня галереи расписан «под кирпич», как это было в XVI в., а галерея покрыта орнаментом, как после ее постройки в XVII в. Современная полихромия собора — сплав цветовых признаков трех эпох: строгости XVI в., золота, орнаментальной сложности и «узорочья» XVII в., декоративности конца XVIII — середины XIX в.
Некоторые специалисты считают неправомерным сочетание в современном облике Покровского собора стилистически различных многоцветий, ссылаясь на то, что такой полихромией собор никогда не обладал и она не создает его цветового образа ни на один конкретный исторический период.
Но собор жил и развивался, отражая культурно-исторический и цветовой контекст Москвы нескольких столетий, и вправе соединить сегодня в себе цветовые достижения прошлых времен, стать летописью архитектурной полихромии, запечатлевшей несколько слоев русской цветовой культуры.
Социально-профессиональное расслоение, отразившееся на структуре города, было закреплено специфическим многоцветьем, которое на уровне города не приобрело еще художественного осмысления.