Лжедмитрий был убит, одет в шутовской колпак, и его труп закопали в овраге за стенами города. Вскоре стали доходить слухи, что над могилой горят огни и слышатся страшные звуки. Тогда по приказу Шуйского труп выкопали, сожгли, зарядили пеплом пушку и выстрелили в сторону Польши. Казалось, что с историей Лжедмитрия — Гришки Отрепьева покончено навсегда.
19 мая 1606 г. царем был избран Василий Иванович Шуйский. Временно собранному Земскому собору и Думе он был представлен как избавитель от поляков и Лжедмитрия, выходец из древнейшего рода Рюриковичей, потомок Александра Невского. Этого было достаточно, тем более что Шуйский согласился ограничить царскую власть в пользу Думы и не посягать на церковное и монастырское имущество и земли.
Однако легитимность власти Шуйского и его быстрое воцарение вызывали у некоторых большие сомнения. Возникла почва для появления нового самозванца. Несколько придворных украли государственную печать и направились в сторону Литвы, распространяя по дороге слухи, что «царевич Дмитрий» опять спасся. Один из заговорщиков, М.А. Молчанов, представился «царевичем Дмитрием».
Поскольку его личность была известна, то войсковые операции он поручил И.И. Болотникову, бывшему княжескому холопу. Однако усилия Болотникова не увенчались успехом. Он был разбит, отправлен в кар го польскую тюрьму и там убит. Пятидесятичетырехлетний Василий Шуйский после этого события женился. Однако в Стародубе появился человек, личность которого не была установлена, впоследствии названный Лжедмитрием II. Лжедмитрий II продолжил авантюру, собрав разношерстное войско и двинувшись к Москве.
Летом 1608 г. он расположился близ села Тушино, отчего его и стали звать Тушинским вором. В стране воцарилось двоевластие: в Кремле сидел Шуйский, в Тушине — Лжедмитрий II. Однако Тушинскому вору не удалось противостоять натиску русского воинства, подтянувшегося к Москве.
С севера шло войско М.В. Скопина-Шуйского с подмогой от шведского короля, с юга двигался Ф.И. Шереметев, укротив восстание в Поволжье, затем П.П. Ляпунов, взявший Зарайск и еще несколько городов. Крымский хан прислал подмогу. В результате Лжедмитрий II со своей женой Мариной Мнишек, которая тайно венчалась со вторым авантюристом для большей правдоподобности, бежал.
12 марта 1610 г. победители торжественно въехали в Москву, но вскоре на пиру молодой и талантливый военачальник Михаил Скопин-Шуйский был отравлен завистливым братом Василия Шуйского Д.И. Шуйским. Чувствуя недовольство правившим царем, в пределы Русского государства вторгся польский король Сигизмунд. Активизировался и Лжедмитрий II.
Царь оказался в окружении в Кремле. Недовольные дворяне под предводительством П.П. Ляпунова отстранили его от власти, постригли вместе с женой и заточили в Чудовом монастыре. Боярское правительство вознамерилось избрать на русский престол сына польского короля Сигизмунда Владислава. Шуйского отвезли на поклон к королю и заточили в польском замке, где он и умер. В 1634 г. его прах будет перезахоронен в Архангельском соборе.
Поскольку бояре боялись наступления сразу двух врагов и сил для сопротивления не было, выбор пал на Владислава. Только патриарх Гермоген видел в его лице угрозу православию на Руси. Однако вскоре все убедились, что Сигизмунд не только не собирался давать править своему сыну, но и сам хотел воцариться на Русской земле. Тем временем поляки заняли прочные позиции в Москве.
В государстве росло сопротивление внешней интервенции, которое возглавил П.П. Ляпунов. В феврале ополченцы, представители всех сословий, прибывшие со всех концов страны, собрались в Коломне и Серпухове. Однако разнородность состава первого ополчения, несмотря на успехи при взятии Белого города, стала причиной его развала. Войско распадалось, и по навету был убит его руководитель и вдохновитель П.П. Ляпунов.
Патриарх Гермоген вновь начал призывать патриотов. В этом деле ему помог нижегородский земский староста Кузьма Минин. Ему удалось собрать большие средства на новое ополчение. Люди несли самое ценное, часто последнее, на войну с врагом. Оставалось выбрать руководителя. Выбор пал на нижегородского князя Дмитрия Пожарского, опытного полководца. К 20 августа 1612 г. войско было готово вступить в Москву.
Первые удачи у Данилова монастыря и взятие Белого города сплотили ополченцев. 22 августа взяли Китай-город, 26-го сдался Кремль. Власть оказалась в руках временного правительства во главе с Д.Т. Трубецким и его помощником Д. М. Пожарским.
Смута показала русским людям, насколько важна сплоченность перед лицом внешнего врага; дала понимание роли гражданского долга в деле сохранения единства государства, осознание того, что народ — это не только подданные своего царя, но и граждане своего Отечества, которые сражаются не только за царя, но и за свою Родину, детей, жен и матерей. Смута при всех тяжелейших ее последствиях для страны стала этапом формирования гражданского общества на православной религиозной основе.
XV и XVI века ознаменовались для Русского государства расцветом и подъемом строительства. Начиная с конца XVI в., еще при Иване Грозном, ситуация в государстве менялась. Политика Ивана IV привела к обнищанию государства и его упадку. Последовавшее Смутное время приостановило поступательное развитие государства. Поэтому период конца XVI — начала XVII вв. отмечен спадом строительства.