В середине XV в. продолжилось строительство множества укрепленных кремлей на подступах к Москве. В 1525 г. отстроили Тульский кремль, к 1531 г. завершили строительство Коломенского кремля (1525-1531). Укрепление Коломны было особенно важно для молодого Московского государства, так как река Ока в этих местах была проходима вброд, а угроза с южной стороны, со стороны Дикого поля оставалась весьма актуальной.
Коломна со своими монастырями надежно прикрывала Москву с юга. Москва также продолжала возводить свои крепостные сооружения. Под руководством архитектора Петрока Малого были выстроены стены и башни Китай-города. Китайгородская стена охватила территорию в 70 га. Ее высота достигала 9 м, а толщина — 6,5 м. Столь большая толщина стен позволила сделать глубокие ниши для размещения пушек.
Стена также предусматривала три уровня ведения боя, а с башен, сильно выдвинутых за пределы стены, можно было вести продольный обстрел. Московский Кремль как центр города с Соборной площадью и возвышающимися на холме величественными зданиями имел меньшую площадь, чем Китай-город, но был укреплен более мощными стенами. Теперь оба центра города, административно-политический и торговый, получили каменные стены, что объединило их в единый архитектурный ансамбль столицы.
В 1586—1588 гг. под руководством архитектора Федора Коня отстроилось второе кольцо крепостных стен вокруг Кремля и Китай-города. Кирпичные стены Белого города проходили приблизительно по линии современного Бульварного кольца. Их протяженность составляла около 9 км. Стены Белого города, названного так потому, что были выкрашены в белый цвет, создавались похожими на кремлевские стены.
Они имели 28 башен. В девяти из них были устроены проездные ворота, через которые проходили главные радиальные улицы Москвы. Толщина стен варьировалась. Внизу она доходила до 6 м, а вверху — до 4,5 м. Эти фортификационные сооружения не дошли до наших дней. Они были разобраны в XIX в.
В 1591-1592 гг. вокруг Москвы по линии современного Садового кольца был вырыт ров и насыпан земляной вал, на котором возвели дубовые стены. Так появилось ещё одно оборонительное кольцо с 57 башнями, получившее название Земляного города, или Скородома, за быстрое возведение этих укреплений.
С образованием третьего кольца оборонительных стен Москва получила в общей сложности 120 башен, рассчитанных на трехъярусное ведение боя, что превратило столицу Русского государства в неприступную крепость. С южной стороны эти укрепления дополнялись близлежащими монастырями с их крепостными стенами: Даниловым, Симоновым, Андрониковым, Новоспасским и Новодевичьим.
Особое значение в обороне Москвы имел Смоленский кремль (1596—1602). Кремль живописно раскинулся на холмистой местности, окруженный стеной с 38 башнями длиной 6,5 км. Высота стен достигала в некоторых местах 10 м при толщине 5 м. Смоленская крепость действительно стала оплотом Русского государства, не раз принимая на себя первый удар врага.
Оборонительную мощь городских кремлей дополняли монастыри-крепости, возникавшие по всей территории государства. Кирилло-Белозерский монастырь стал одним из наиболее выдающихся ансамблей среди укрепленных монастырей своего времени. Начатый в 1523 г., он постоянно расстраивался и видоизменялся.
Монастырь имеет обширную территорию с внутренними церковными, хозяйственными и жилыми постройками. Его территория охватывала луговины и огороды, на ней было множество лесистых уголков. Стены монастыря протянулись на 2 км. Кирилло-Белозерский монастырь строился как оплот Московского государства на севере. Его мощнейшие укрепления должны были устоять перед натиском самого грозного врага. Впоследствии они оправдали надежды строителей. Стены и башни, рассчитанные на трехуровневое ведение боя, выдержали осаду польско-литовского войска.
Самой неприступной крепостью на севере государства стал Соловецкий монастырь, построенный на острове в Белом море. Его стены и башни, выложенные из огромных валунов и гранитных обломков, достигающих иногда 8 т веса, придают монастырскому комплексу выразительный и могучий вид, хорошо вписывающийся в северный ландшафт. Главный Преображенский собор (1558-1566) имеет гладкие стены, слегка расширяющиеся книзу, что роднит его с крепостными стенами. Собор выполнен как оборонительное сооружение, а его небольшие приделы построены как дозорные башни.
К этому же времени относится замена деревянных укреплений на каменные в монастырях, расположенных на подступах к Москве. Были заменены стены и башни Троице-Сергиева (1540—1570), Иосифо-Волоцкого (1543—1566} и Пафнутьево-Боровского монастырей.
Наряду с укреплениями и церковными зданиями в XVI в. в русле общего подъема светского строительства в монастырях широко распространяется возведение одностолпных трапезных палат, начатое уже в XV в. Трапезные палаты сооружаются в монастырях: Андрониковом (1504—1506) в Москве, Пафнутьево- Боровском (1511), Макарьевском (1525—1530) в Калязине. Хотя монастырские одностолпные палаты уступают по размерам и внутреннему убранству Грановитой палате в Московском Кремле, все они построены по единому принципу.
Трапезные представляют собой двухэтажные здания с одностолпным помещением на втором этаже, которое служило общей столовой. На первом эта- же размешались кухня и хозяйственные комнаты. Иногда теплый воздух из кухни через специально устроенные каналы подавался в трапезную. Внешне здания трапезных палат того времени чрезвычайно просты. За исключением нескольких лопаток, их украшает либо нарядный карнизе фризом из керамических плиток, либо совсем простой узорчатый поясок. Скромные наличники дополняют общее убранство.
В XVI в. началось строительство небольших приходских и вотчинных храмов в кирпиче и камне взамен традиционных деревянных. Эти небольшие церкви строились как бесстолпные здания, в которых отказались от повсеместно распространенной крестово-купольной системы, заменив ее крещатым сводом. При небольших размерах бесстолпных храмов освобождение внутреннего пространства от массивных столбов было особенно важным.
Примером могут служить уже рассматривавшаяся церковь мученика Трифона в Напрудном, а также церковь Исидора Блаженного на валах в Ростове Великом (1566). Планы этих церквей имеют размеры, близкие к квадрату, с одной абсидой. Фасады завершаются трехлопастными закомарами, к тому же отделенными от основной стены горизонтальными тягами. Крыша за счет крещатого свода получила сложную форму. В качестве кровельного материала использовалась поливная черепица.
Наряду с небольшими приходскими церквями началось строительство монументальных соборов по образцу Успенского собора в Московском Кремле. Однако русские зодчие не стремились скопировать прототип. Каждому новому зданию они придавали индивидуальные, только ему присущие черты.
Таким возводился большой Успенский собор (XVI в.) будущего ансамбля Митрополичьего двора в Ростове Великом. Он имеет много общих черт с московским образцом и, прежде всего, конструктивно-пространственную структуру. Однако ростовский собор не отличается лаконичностью и строгостью. Горизонтальные членения в виде тяг и аркатурных поясов приостанавливают динамику вертикального развития. Собор обильнее украшен, значение декора в нем превалирует над пространственной образностью композиции.
Софийский собор в Вологде построенный в 1568—1570 гг., отличается тяготением к традициям северной Новгородско-псковской школы. Его фасады практически лишены какого бы то ни было декора, что свойственно древним памятникам Севера. Однако пятиглавие собора роднит его с московскими соборами.