Одной из важных сторон проекта было бережное отношение к руинам Парфенона и Эрехтейона, которые оставались нетронутыми. Архитектор не пошел по пути достройки и дополнения их недостающими декоративными и конструктивными элементами, не попытался придать им нового функционального назначения, сохранив таким образом существовавшие визуальные связи и композиционное значение каждого в ансамбле. Однако зодчий не был последовательным до конца, так как слишком вольно обошелся с Пропилеями, достроив их и придав симметричность их композиции. Все это отражает подход второй четверти XIX века к античному наследию, которое очень хотелось «оживить» не только в графических реконструкциях, но и включить в современную жизнь.
Большой Кремлевский дворец, как и нереализованное произведение Шинкеля, строился рядом со средневековым дворцом русских царей. Как отметил внимательный путешественник в 1839 году: «Настоящий дворец прежних царей возвышается над всем. Это маленькое здание неправильной и фантастической формы было почти полностью разрушено французами, как и дворец, на крыше которого он находится. Сейчас все это замечательно восстанавливается и преобразуется в императорскую резиденцию Тоном — очень искусным архитектором, во всем следующим старым образцам». Место, где расположился ансамбль Большого Кремлевского дворца было традиционным. При планировке территории вокруг Большого Кремлевского дворца в 1840-х годах был окончательно срыт крутой обрыв у Боровицких ворот. Важным новшеством в композиции тоновского дворца было включение в него памятников древней кремлевской архитектуры — Золотого крыльца, Боярской площадки, а также то, что новые дворцовые помещения примыкали ко всему комплексу Теремов, Грановитой палате и Благовещенскому собору, становясь как бы их продолжением. Центром внутреннего двора дворца стал древнейший сохранившийся собор Кремля — Спас на Бору.
Большой Кремлевский дворец, декор которого во многом напоминал, а иногда и копировал декор Теремного дворца, высотные членения которого ему соответствуют, изменили композицию Кремля и его силуэт во вкусах своего времени. «Что касается до размеров и гениального соображения гигантских пропорций, то только тот мог проектировать так, кто в продолжении многих лет обдумывал, изучал, рассматривал величественные памятники древности, у кого под руками так сказать были дворцы Цезарей…», — писал обозреватель в 1840 году, намекая на успех и полное признание пенсионерской работы К.А. Тона по реставрации дворца Флавиев в Риме. Несмотря на то что Тон придал ступенчатость силуэту дворца и, таким образом, использовал еще один прием построения Теремного дворца, все же ведущим мотивом продолжало оставаться классицистическое единство объема центральной части Большого Кремлевского дворца, прототипом которого были дворцы на Палатине.
Принципы классицизма положены и в основу его фасадных композиций. Несмотря на асимметричность и сложность общей композиции Большого Кремлевского дворца, в нем можно выделить три элемента, построенных по законам классицизма. Это главный и западный фасады дворца, Оружейная палата. Все они симметричны; у обоих фасадов дворца выделены центры композиции. Особенно характерен в этом смысле западный фасад, центром которого является традиционный для классицизма ризалит. Еще классицизм 1810-1830-х годов заложил основы нового прочтения ордерной системы как фасадной декорации, почти не связанной с общим объёмно-пространственным. Эстетические качества архитектуры уже тогда стали восприниматься как «прикладной элемент, как декоративное оформление фасадов, независящее от планировки, конструкций и даже назначения здания». Поэтому методика работы архитекторов николаевского времени, создававших произведения в различных стилях, по существу, не изменилась — разнообразные декоративные элементы накладывались на фасады подобно ордеру. Вместе с тем, в архитектурном строе других стилей архитекторы склонны были по традиции находить и выделять структуру, сходную с ордерной. Так организован и фасад Большого Кремлевского дворца, несмотря на близость к декоративной обработке Теремного дворца его фасадная композиция по существу ордерная.
Сравнение пропорций пилястр Теремного дворца и главного фасада Большого Кремлевского подтверждает это. Еще более близки к классическим ордерным композициям фасады Оружейной палаты (1844-1850, арх. К.А. Тон) и западного корпуса дворца, выходящего на новую Императорскую площадь, декорированные трехчетвертными колоннами с коринфскими капителями. Белокаменные колонны Оружейной палаты, стволы которых украшены сплошным орнаментом, имеют своим прообразом колонки, обрамляющие окна Грановитой палаты, однако их пропорции так же отличаются классицистической правильностью.
Интерьеры всех памятников архитектуры, вошедших в единый комплекс Большого Кремлевского дворца, были реставрированы в 1836-1838 годы в соответствии с пониманием их стиля, характерном для того времени. В работах участвовали академики Ф.Г. Солнцев, П.А. Герасимов, художник Т. Киселев. Эти реставрационные работы, выполненные на высоком профессиональном уровне, не были реставрациями в нашем современном понимании, а подобно реставрациям античных памятников этого времени, были попытками домыслить, «реконструировать» древний облик теремов. Эстетика самого XIX века проявилась в педантичной тщательности выполнения работ, в правильности рисунка архитектурных деталей и росписей, в той законченности их общего облика, который, по-видимому, постоянно перестраивавшиеся терема никогда ранее не имели.
