В 1891 г. великая княгиня Елизавета Федоровна по ее желанию приняла Православие. В 1891 г., когда император Александр III назначил великого князя Сергея Александровича московским генерал-губернатором, как его супруга, великая княгиня должна была выполнять утомительные и нелюбимые ею светские обязанности: организовывать и участвовать в постоянных приемах, балах, концертах, собраниях независимо от ее состояния здоровья, желаний, настроения. Москвичи полюбили Елизавету Федоровну, оценили ее милосердное сердг^е. Она ходила по больницам для бедных, в богадельни, в приюты для беспризорных детей и везде старалась облегчить страдания людей: раздавала еду, одежду, деньги, как могла, улучшала условия жизни несчастных.
Великая княгиня много читала и хорошо знала жития российских святых, любила паломнические поездки, в них она получала новые впечатления, прилив духовных сил. Знание земных деяний российских святых, посещение и строительство монастырей и храмов помогали ей в самые трудные периоды ее жизни.
В феврале 1905 года ее муж 48-летний Сергей Александрович был убит бомбой, брошенной террористом И.П. Каляевым. После гибели мужа великая княгиня Елизавета Федоровна решила покинуть свет и всю себя отдать служению Богу и людям. Великая княгиня увидела свое место в системе христианского милосердия, где особое место занимают общины сестер милосердия, созданные по образу и подобию женских монастырей для оказания помогай людям, обиженным судьбой: обездоленным, детям, престарелым, больным, не имеющим средств к существованию. Она решила создать подобный женский монастырь, продала большую часть своих драгоценностей, принадлежагцих ей произведений искусства и кутила на Большой Ордынке усадьбу для создания там монашеской обители. За два года в ее новом владении были построены больница, амбулатория, приют для сирот, столовая для бедных, аптека, библиотека, школа, воскресная школа, другие здания. Учрежденная в 1909 г. обитель начала свою деятельность в 1910 г. Всего было возведено 11 зданий, в том числе небольшой и изящный храм Покрова Пресвятой Богородицы (освящен в 1912г.) — прекрасный архитектурный памятник в манере новгородско-псковского зодчества XIV—XV вв. (архитектор А.В. Щусев, расписывал храм окадемик живописи М.В. Нестеров). Основанную обитель великая княгиня Елизавета Федоровна назвала Марфо-Мариин- ской по имени двух евангельских сестер, вся жизнь которых является примером в делах духовного служения и деятельного милосердия.
В Марфо-Мариинской обители великая княгиня Елизавета Федоровна во всех делах принимала участие, свои бытовые нужды удовлетворяла сама, не пользуясь услугами со стороны крестовых сестер. Она считала, что главной задачей крестовых сестер обители является посещение больных и бедных в их домах и оказание им там медицинской, материальной и моральной помогци. В самой обители в посильных масштабах осуществлялись разные виды помощи нуждавшимся. В больнице обители были свои операционная, перевязочная, амбулатория для приема ходячих больных, а также аптека. Вольница считалась образирвой по тем временам, там работали и консультировали самые лучшие специалисты. Вольные в больнице и амбулатории получали бесплатную помощь, а в аптеке — бесплатные лекарства. Община помогала людям устраиваться на работу. В приют принимали сирот, давали им элементарное образование и профессиональные навыки. Работали библиотека, школа, воскресная школа. Материальной базой общины являлись в основном средства настоятельницы, вклады благотворителей и членов попечительского совета. Сестры во главе с настоятельницей посещали тюрьмы и московские трущобы, помогали обездоленным в разных частях города. Примером во всех делах была настоятельница обители, которая ухаживала за самыми тяжелыми, неизлечимыми больными, была ассистентом на операциях, дежурила по ночам в больничных палатах, спала не больше 3 часов в сутки (ее постелью была простая деревянная кровать без матраца), питалась скромно. Одним из главных мест бедности, которому великая княгиня уделяла особое внимание, был Хит- ров рынок. Елизавета Федоровна в сопровождении только своей келейницы Варвары Яковлевой или сестры обители княжны Оболенской, переходя от одного притона к другму, собирала сирот и уговаривала родителей отдать ей на воспитание детей. Все население Хитрова рынка уважало ее, называя Сестрой Елизаветой или Матушкой. Не было ни одного случая, чтобы кто-нибудь из обитателей Хитрова рынка оскорбил, унизил, обидел ее. Она в первую очередь старалась спасти детей Хитровки. Мальчиков, вырванных из Хитровки, она устраивала в общежития, из одной группы таких недавних оборванцев образовалась артель исполнительных посыльных Москвы. Девочек устраивала в закрытые учебные заведения или приюты. Вне стен Марфо-Мариинской обители великая княгиня Елизавета Федоровна устроила дом-больницу для чахоточных женщин (больных туберкулезом); заботилась о детях умерших от туберкулеза женщин. В Москве Елизавету Федоровну еще при жизни почитали как святую.
Вскоре после Февральской револющи 1917 г. к обители подошла толпа с винтовками. Когда настоятельница открыла ворота, ей объявили, что приехали, чтобы арестовать ее и предать суду как немецкую шпионку, к тому же хранящую в монастыре оружие. Она сказала, что духовник обители отец Митрофан Серебрянский покажет им все постройки обители, и они могут искать то, что хотят найти. Конечно, они ничего там не нашли и поспешилиуехать.
Доброжелатели неоднократно советовали великой княгине Елизавете Федоровне покинуть Россию. По поручению кайзера Вильгельма к ней приехал шведский министр и предложил ей помощь в выезде за границу. Елизавета Федоровна отказалась уехать и сказала, что она твердо решила разделить судьбу страны, которая стала ее второй Родиной, и что она не может покинуть сестер Марфо-Мариинской обители, тем более в такое трудное время. После заключения Брест-Литовского мира германское правительство добилось согласия советской власти на выезд великой княгини Елизаветы Федоровны за границу. Посол Германии граф Мирбах дважды пытался встретиться с ней, чтобы уговорить покинуть Россию, но она отказывалась от встречи, подтверждала свою решимость остаться в России иразделить ее судьбу. В 1918 г. был послан английский крейсер к берегам Крыма, чтобы спасти сестер императора Николая II великих княгинь Ксению и Ольгу, их мать вдовствующую императрицу Марию Федоровну и великую княгиню Елизавету Федоровну. Елизавета Федоровна отказалась покидать Россию. В разное время разные люди предлагали ей помощь в бегстве из России, но она неизменно повторяла, что решила разделить судьбу России.