Холмогорский собор строился 6 лет 2 месяца и 17 дней. Его освящение было совершено 28 июля 1691 г. самим преосвященным Афанасием. «И для такого торжественного для церкви священного дня его архиерейским благорассудительным изволением, елико собралось со всего града нищих и всяких маломощных, всем был подел денежный, да и кормили всех пищею довольною, столовым порядком. А освященного чина, также и от граждан начальники, посацкие и прочие люди и мастеровые все были удовольствованы учрежденною питательною трапезою со всяким довольством»45. Соборная колокольня была построена архиепископом Афанасием раньше самого собора — в 1683-1685 гг., возведение комплекса архиерейского двора заканчивалось одновременно с соборным храмом.
Для самого архиепископа освящение нового кафедрального собора было событием одновременно значительным и очень радостным. Видимо, столько сил и стараний положил этот деятельный человек на сооружение главного храма новооткрытой епархии, что свои чувства по окончании строительства собора Афанасий выразил в особом послании, адресованном всему «преславному и православному роду российскому». Послание заканчивалось словами: «…Созываю вас, другов и соседов, глаголя: Братие и чада! Радуйтеся со мною о толицем кафолическом храме Спасове, яко толикий душеспасительный кивот сподоби нас видети и в нем Пресвятое имя Его славословити. Таже молящеся Тому Самому Тек- тону Христу Господу в любви и мире нам правоверным пребывати и от смущающих и нападствующих нас избавитися и древней свободе благочестию нашему дароватися, о ней же подвизающеся со Апостолом глаголю: бодрствуйте, стойте в вере, мужайтеся и утверждайтеся, тверди бывайте и непоступни, избыточествующе в деле Господни всегда, прикро- вени предстательством Пресвятыя Славныя Девы Богородицы Марии и всех святых молитвами. Аминь»46.
Во время своего первого путешествия в Архангельск в 1693 г. Петр I побывал в Холмогорах и пожаловал Афанасию сумму, на которую был устроен новый соборный иконостас. До своей смерти архиепископ заботился об украшении собора и увеличении его имущества. В соборную ризницу постоянно поступали пожертвования: «золотая ткань» на облачения, подвесные серебряные лампады, богослужебные книги. Интерьер храма был оборудован с различными затеями: огромные паникадила были устроены «так замысловато из литой меди, что падавший воск от горевших свечей, скатываясь в чашечки, производил тихие различных тонов звуки»47.
История создания холмогорского собора, в отличие от соборов в Нижнем Новгороде, Желтоводском монастыре и Ярославле, хорошо документирована. В этом вопросе Преображенский храм может соперничать с Иверским собором Валдайского монастыря, строительство которого освящал сам патриарх Никон. Архиепископ Афанасий был, по всей видимости, подлинным книжником XVII в. — любителем и ценителем письменного слова. Кроме наполненных живым чувством архиепископских посланий и точного пересказа фактической стороны событий в Двинской летописи, Афанасий в 1701 г. заказывает детальное описание новопостроенного собора. Вместе с подрядной грамотой этот документ восстанавливает полную картину первоначального архитектурного облика кафедрального храма48.
В 1702 г. архиепископ Афанасий умер и был погребен в Преображенском храме. По-видимому, собор изначально мыслился в качестве архиепископской усыпальницы: на его северной стене расположен ряд плоских ниш-аркосолиев с лучковыми перемычками. Усыпальницей епархиальных архиереев холмогорский Преображенский храм служил до 1825 г.
При архиепископе Варсонофии (1740-1759 гг.) внутри собора были утолщены два первых от иконостаса столба. В 1747 г. ремонтировалась кровля здания, тогда же были заделаны «закомарины» и разобран свод западной паперти. В 1816 г. опять поновлялись крыша и главы храма. Последний капитальный ремонт был осуществлен в 1883-1884 гг. на средства Синода. До наших дней холмогорский собор дошел с некоторыми потерями: обрушились восточные барабаны и все луковичные главы, а по южному фасаду проходит угрожающая трещина. В советское время здание использовалось под склад холмогорского племсовхоза. В 1943-1946 гг. были произведены обследования собора и укрепление фундаментов специалистами Московского архитектурного института и Архангельской областной комиссией. Техническое состояние памятника было признано плохим. В 1970-х гг. начались вялые реставрационные работы, ничем не закончившиеся. В 1990-х гг. собор был передан Церкви, власти которой предпринимают попытки к его восстановлению.
Помимо планов храма 1946 и 1976 гг., сделанных для паспорта памятника, сохранились замечательные чертежи, выполненные А.В. Ополов- никовым с коллегами в 1943 г.49, — план, продольный разрез, фасады и элементы декора. Вместе с письменными источниками этот графический материал позволяет восстановить полный и детальный архитектурный облик Преображенского собора.
Посетив Холмогоры, можно уверенно говорить об исключительности архитектурного «прорыва», совершенного архиепископом Афанасием. Его бурная строительная деятельность, развитая в последние десятилетия XVII в., создала целое архитектурное направление в северных пределах Российского государства. В результате новооткрытая епархия получила настоящий культурный и административный центр, окруженный монастырями и приходскими церквями. Первопроходческий характер этой деятельности становится нагляднее, если проделать длинный путь до Холмогор, на многие километры лишенный не то чтобы каменных зданий, а просто любых построек. Тем удивительнее кажется в завершение пути явление Холмогор — островка исторической жизни, обладающего одним из главных ее признаков — замечательными архитектурными памятниками.
Бывший город — Холмогоры — располагается на острове, образованном одним из рукавов Северной Двины и полукруглой протокой, соединяющей рукав с основным руслом реки. Комплекс архиерейского двора возводится на Городище — небольшой возвышенности в центре острова. Кафедральный собор сооружается на южной оконечности Городища, к западу от него располагаются постройки архиерейского двора. Силуэт громадного Преображенского храма с колокольней, поставленной у его северо-западного угла, до сих пор доминирует над остальной застройкой поселка.